（一）蛋白质的脱水缩合过程：
①脱水缩合产生的H₂O中的H来自于—COOH和—NH₂，而氧则只来自于—COOH。
②一条肽链上至少有一个游离的氨基和一个游离的羧基，并分别位于肽链的两端。
③R基中的—NH₂或—COOH不参与肽键的形成，故多余的—NH₂或—COOH位于R基中。
（二）依据氨基酸的结构通式的两种计算：
(1)依据：氨基酸的结构通式可以简写为R—C₂H₄O₂N，氨基酸分子式中各原子数等于R基中各原子数分别加上结构通式中C、H、O、N原子数。
两种计算类型
①已知氨基酸分子式，推测R基的组成：如某氨基酸分子式为C₆H₁₄O₂N₂，则R基为—C₄H₁₀N。
②已知R基，写出氨基酸的分子式：丙氨酸的R基为—CH₃，则丙氨酸的分子式为C₃H₇O₂N。
（2）氨基酸形成多肽过程中的相关计算：
①肽键数 = 脱去水分子数 = 氨基酸数目 — 肽链数=水解需水数；
②至少含有的羧基（—COOH）或氨基数（—NH₂） = 肽链数；
③游离氨基或羧基数目＝肽链数＋R基中含有的氨基或羧基数；
④蛋白质相对分子质量＝氨基酸数目×氨基酸平均相对分子质量－脱去水分子数×18.
⑤利用原子守恒法计算肽链中的原子数
在一个氨基酸中，若不考虑R基，至少含有2个碳原子、2个氧原子、4个氢原子和1个氮原子。氨基酸在脱水缩合形成多肽时，要失去部分水分子，但是碳原子、氮原子的数目不会减少。
C原子数＝氨基酸分子数×2＋R基上的C原子数。
H原子数＝各氨基酸中H原子的总数－脱去的水分子数×2。
O原子数＝各氨基酸中O的总数－脱去的水分子数=肽键数+2×肽链数+R基上的O原子数。
N原子数＝肽键数＋肽链数＋R基上的N原子数＝各氨基酸中N的总数。
（3）有关蛋白质分子计算的2点提醒
①若形成的多肽是环状：氨基酸数＝肽键数＝失去水分子数。
②在蛋白质相对分子质量的计算中，若通过图示或其他形式告知蛋白质中含有二硫键时，要考虑脱去氢的质量，每形成一个二硫键，脱去2个H。